En el caso se acreditó que, desde la década de 1990 y por lo menos hasta 2005, diversas dependencias estatales llevaron a cabo actividades arbitrarias de inteligencia en perjuicio de las víctimas, las que continuaron durante la vigencia de la Ley 1621 de 2013, dirigida a regular las funciones que desarrollan los organismos de inteligencia y contrainteligencia. Asimismo, los miembros del CAJAR fueron objeto de estigmatización, a raíz de las declaraciones de funcionarios estatales y publicaciones de oficinas gubernamentales que los descalificaban y los vinculaban con grupos guerrilleros.
El Tribunal también estableció que las víctimas sufrieron distintos hechos de violencia, hostigamiento e intimidación, algunos de los cuales fueron ejecutados con intervención directa de agentes estatales; y que el Estado creó una situación de riesgo para la vida e integridad personal de las víctimas, en cuanto facilitó a organizaciones paramilitares información personal de estas últimas, obtenida con motivo de las labores de inteligencia desarrolladas. A ello se sumó un escenario de impunidad ante la falta de investigación de los hechos de violencia, amenazas y hostigamientos por parte del Estado Colombiano. Tal situación provocó que algunos de los miembros del CAJAR, junto con sus familiares, tuvieran que mudar de domicilio por razones de seguridad, tanto dentro como fuera del territorio colombiano. Todo ello generó afectaciones directas en las actividades ordinarias del colectivo (ONG para la defensa de los derechos humanos) y a título personal de sus miembros.
La CIDH declaró que Colombia vulneró, en perjuicio de las víctimas, los derechos a la vida, a la integridad personal, a la vida privada, a la libertad de pensamiento y de expresión, a la autodeterminación informativa, a conocer la verdad, a la honra, a las garantías judiciales, a la protección judicial, a la libertad de asociación, de circulación y de residencia, a la protección de la familia, los derechos de la niñez y el derecho a defender los derechos humanos, todos ellos consagrados en la Convención Americana sobre Derechos Humanos. En especial, se establece la violación del deber de adoptar disposiciones de derecho interno en relación a las actividades de inteligencia y pronunciamiento de las autoridades estatales.
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